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L'AFD emploie 4 500 collaborateurs, dont 2 800 concentrés au siège parisien de Paris-Austerlitz (50 000 m²), soit 62 % des effectifs totaux. Cette concentration au siège d'un organisme dont la mission est déployée à l'international constitue un déséquilibre structurel entre fonctions support et fonctions opérationnelles de terrain. L'AFD gère plus de 4 000 projets en cours d'exécution dans 160 pays, soit un ratio moyen de 1,4 projet par agent, toutes fonctions confondues, jamais mis en regard du coût unitaire de gestion par projet dans aucun document public. Le modèle de financement crée une incitation perverse à la croissance des coûts : les frais de fonctionnement et les salaires de l'AFD sont financés par les intérêts des prêts et les commissions perçues sur les projets, ce qui crée une incitation structurelle à maximiser le volume des engagements indépendamment de leur pertinence. Le rapport d'exécution budgétaire 2024 de la Cour des comptes (avril 2025) relève que les dépenses de fonctionnement représentent 3,83 % des CP de la mission APD et sont en hausse de 2,7 %, même en période de restriction budgétaire générale, et que les efforts de régulation ont porté sur les dépenses d'intervention directes, préservant les coûts de structure. Sur l'immobilier, le sénateur Roger Karoutchi a déclaré lors du PLF 2025 s'être opposé à la construction de 50 000 m² à Paris-Austerlitz et avoir été « sidéré de voir l'AFD inaugurer en grande pompe son siège en Guinée, un magnifique ensemble, alors que l'ambassade de France n'est installée que dans un tout petit immeuble ». Le coût total du siège parisien et des implantations locales n'est publié dans aucun document budgétaire. L'AFD revendique un effet de levier de 1 euro public pour 12 euros mobilisés, calculé par l'AFD elle-même sans validation externe. Le rapport AFD-OSC de la Cour (2021) avait relevé que « les avantages comparatifs des acteurs de l'APD sont mal connus et rarement mesurés ». Enfin, l'État perçoit un dividende de 20 % du résultat net, soit 74,2 millions d'euros en 2023 (résultat net : 371 M€), à comparer à une contribution annuelle de 2,25 milliards d'euros, soit un rendement effectif de 3,3 % hors garantie implicite sur les emprunts de marché, jamais analysé dans les documents budgétaires transmis au Parlement. Le rapport NEB APD 2024 de la Cour note explicitement l'« absence de revues de dépenses formelles » sur la mission. La Cour des comptes pourrait réaliser la première revue indépendante du ratio frais de gestion / volume d'aide acheminée, comparable aux standards appliqués aux ONG de développement internationales où ce ratio est publié et audité annuellement.