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Le service public de l'enseignement supérieur et de la recherche est opéré par une multiplicité d'organismes, enchâssés entre eux, formant ce que l'on nomme familièrement le \"millefeuille de la recherche\". Ainsi, une unité de recherche rend typiquement des comptes à plusieurs tutelles et obéit à plusieurs règles de gestion qui varient pour les ordres de missions, les dépenses, les achats, la gestion des RH, etc. En outre, même au sein d'un établissement donné, les processus de gestion semblent pensés pour être les plus douloureux possibles : par exemple l'évaluation de la carrière, les promotions, le régime indemnitaire s'appuient peu ou prou sur les mêmes données mais toujours dans des formats différents.

Visant une meilleur utilisation des crédits de fonctionnement, l'État demande depuis plusieurs années des efforts en matière d'optimisation des fonctions support — par exemple dans le PLF 2015 — et propose des mesures de simplification administrative — par exemple les 50 premières mesures de simplification de l’enseignement supérieur et de la recherche annoncées en 2016. On y trouve notamment la mesure 43 pour \"une gestion harmonisée entre et au sein des établissements\", reconnaissant que \"la coexistence de ces pratiques est source de complexité et génère un coût en gestion non négligeable\". Néanmoins, les effets de cette simplification tardent à se faire sentir sur le terrain — dix ans après qu'un rapport de l'Académie des sciences ait appelé à cette simplification \"afin de permettre à tous les chercheurs de se consacrer à leur vraie vocation et à leur vrai métier, celui lié à la création de nouvelles connaissances dont découleront les innovations et les nouveaux emplois\" (43% du temps de travail des enseignements-chercheurs serait occupé par des tâches d'administration selon Romuald Bodin, Mathias Millet et Émilie Saunier).

Un rapport de la Cour des comptes sur ce sujet permettrait enfin de faire le bilan des politiques de simplification, de mettre en lumière les difficultés qui subsistent, et de proposer des gains substantiels liés à l'optimisation des fonctions supports et des processus de gestion de l'ESR. Y compris quand les règles se justifient par des contraintes (avérées ou prétendues) de la Cour des comptes, comme c'est le cas par exemple de l'impossibilité de payer un billet d'avion à un étudiant de Master sur des crédits CNRS.